«Formado en la cantera de Maristas de Pamplona jugó en su equipo de liga EBA hasta que pasó a formar parte de la cantera del CB León, quien la temporada 2007/2008 lo cedió al Habitacle Badajoz (LEB Bronce). No logró el objetivo de la permanencia pero promedio en la fase regular 12,3 puntos, 2,4 asistencias y 3 rebotes por partido, con una valoración por encuentro de 13.

La última temporada la disputó en el Gandía Básquet de liga EBA, donde logró el ascenso a LEB Plata, eliminando entre otros al Tenerife Baloncesto. Fran jugó 26,6 minutos por partido, con 10,6 puntos, 3,3 rebotes, 2,4 asistencias, recibió 4,3 faltas por encuentro y logró una media de valoración de 12,8 puntos.

Baquer fue el base titular del equipo y una auténtica referencia en la cancha siendo uno de los jugadores mejor valorado de la plantilla Valenciana.

Fran Baquer se caracteriza por su desparpajo, su rapidez e intensidad, zurdo, con gran talento ofensivo, buen tirador de tres, gran manejador del balón, sabe anotar y dirigir en función de las necesidades del equipo. Sabe forzar las penetraciones en ataque lo que hace que reciba muchas faltas en ataque», dice la nota de Marcha Deportivo.

Podemos acceder a las estadísticas del jugador en la Federación Española de Baloncesto.

Seguramente, ya veamos en acción al nuevo fichaje, bajo las órdenes del serbio Darko Rajakovic, a mediados de septiembre, cuando arranque la liga EBA.